O Farol Museu de Santa Marta abriu em julho de 2007. Com projeto de arquitetura de Francisco e Manuel Aires de Mateus e programa museológico de Joaquim Boiça, o Farol Museu de Santa Marta foi reabilitado com base num protocolo firmado entre a Câmara Municipal de Cascais e o Estado Maior da Armada Portuguesa. O seu modelo é inédito no país, pois conjuga espaços expositivos com a função de sinalização costeira, supervisionada pela Direção de Faróis da Marinha.
À exceção da bala de canhão encontrada em escavações arqueológicas camarárias no recinto, a coleção do Farol Museu de Santa Marta foi inteiramente restaurada e depositada no Farol Museu pela Marinha Portuguesa/Direção de Faróis.